2176년, 태양계에는 지구, 토성, 목성 등 6개의 행성 궤도에
우주 개발을 위한 파운데이션이란 명칭의 기지가 건설되어 있다.
파운데이션은 태양계 근처의 한 항성이 폭발하면서 발생한
우주폭풍에 대비하기 위해 건설된 것으로,
1차 폭풍에 이은 2차 폭풍에 대한 대비 계획이 진행중이다.
이것이 그레이트 미션이다.
파운데이션 중 지구궤도상의 파운데이션 스텔비아의
우주학교에 카타세 시마란 이름의 한 소녀가 입학하면서 이야기는 시작된다.